Η Ειδική Υπηρεσία Εφαρμογής Επιχειρησιακών Προγραμμάτων του Κ.Π.Σ. 2000−2006, του Ε.Σ.Π.Α. και λοιπών συγχρηματοδοτούμενων Επιχειρησιακών Προγραμμάτων (Ε.Υ.Ε. – Γ.Γ.Ι.Φ.), συστάθηκε στο Υπουργείο Εσωτερικών, και υπάγεται στη Γενική Γραμματεία Ισότητας των Φύλων, με την παράγραφο 5(β) του Άρθρου 5 του Ν. 3614/2007. Η Ειδική Υπηρεσία Εφαρμογής ασκεί καθήκοντα Δικαιούχου στα συγχρηματοδοτούμενα Επιχειρησιακά Προγράμματα και καθήκοντα Ενδιάμεσου Φορέα Διαχείρισης (Ε.Φ.Δ.) κατά την έννοια του Άρθρου 4, του Ν. 3614/2007, στα Επιχειρησιακά Προγράμματα «Διοικητική Μεταρρύθμιση 2007−2013» και «Ανάπτυξη Ανθρώπινου Δυναμικού» του Ε.Σ.Π.Α., για πράξεις αρμοδιότητας της Γενικής Γραμματείας Ισότητας των Φύλων. Επίσης, η Ειδική Υπηρεσία είναι αρμόδια για το σχεδιασμό, το συντονισμό, τη διαμόρφωση θέσεων και τη διατύπωση εισηγήσεων για πολιτικές αναφορικά με τα προγράμματα του Ε.Σ.Π.Α., του Ε.Σ.Σ.Α.Α. και του Ε.Σ.Σ.Α.ΑΛ. και λοιπών συγχρηματοδοτούμενων προγραμμάτων, σε θέματα αρμοδιότητας της Γενικής Γραμματείας Ισότητας των Φύλων, εφαρμοζόμενων κατά τα λοιπά των διατάξεων της παραγράφου 3 του Άρθρου 5 του Ν. 3614/2007, και ασκεί τις αρμοδιότητες διαχείρισης των δράσεων που αναλαμβάνει σύμφωνα με το Άρθρο 4 του Ν. 3614/2007, το σύστημα διαχείρισης και ελέγχου και την αρχή της χρηστής δημοσιονομικής διαχείρισης.
